Qualifying Examination (QE)は、規定の単位取得および論文投稿の実績などの事前審査に通過した学生が受けることが出来ます。QE審査は専門性やフレックス大学院の基準となる創造性と主体性を持っているかを口頭試験で審査します。この審査で、合格となれば、博士課程に進学できます。一般の修士論文審査とは異なり、修士号は与えられません。しかし、修士論文の執筆にとらわれることなく研究に取り組むことが出来ます。

End of Course Examination (ECE)は、博士論文の提出後、博士課程修了の専門性があると認められ、規定の単位を取得したものが受験できます。この試験に合格すると、博士(工学)の学位記に、フレックス大学院の課程を修了したことが付記されます。